チケット検索画面のフィルタに、非表示のワークフローや申請できないワークフローが表示されるのは仕様ですか？

はい、仕様となります。

チケット検索画面のフィルタでは、特定のワークフローを指定してフィルタする機能を提供しております。このフィルタで表示されるワークフローの候補は、テナント内で有効または無効となっているすべてのワークフローとなります。また、検索画面を表示しているユーザーがそのワークフローで申請可能かどうかにも依存しません。

現在そのワークフローが申請不可能な状態であったとしても、過去にそのワークフローで作成したチケットを検索するユースケースが存在するため、こうした仕様となっております。

なお、ワークフローの管理者がワークフローを削除することでフィルタの候補から消すことはできますが、ワークフローを削除するとCSVエクスポートなどもできなくなるため、事前に問題がないか十分に確認してから実行してください。