パイプラインにより自動作成された下書きチケットの初期値が設定されないのは仕様ですか？

はい、仕様となります。

パイプラインにより自動で作成された下書きチケットに対して初期値は反映されません。

フィールド内に設定される「初期値」は、 チケットの新規作成画面を開いた際に該当フォームへ自動で反映される値 となるため、パイプラインにより自動で作成された下書きチケットに対しては、初期値が設定されない仕様となります。